本作的舞臺(tái)是私立學(xué)院學(xué)員高等部,主人公是對(duì)謎題十分著迷并自信逢謎必破的高一學(xué)生大門。有一天,他受到學(xué)生會(huì)長(zhǎng)邀請(qǐng),同青梅竹馬少女野葉一起前往學(xué)校附近的遺跡解“不能解開之謎”,原來(lái)這是一個(gè)由神秘智能集團(tuán)制造出的能危機(jī)人類生命的“賢者之謎”。可是熱愛(ài)解謎的大門硬要作出挑戰(zhàn),在得到某件“物件”之后,大門即被點(diǎn)名成為所謂的“解答者”。從此,他就與野葉和其他充滿個(gè)性的解答者一起挑戰(zhàn)潛藏于世界各地的“賢者之謎”。